Lo mas destacado del Museo
Tiene objetos arqueológicos de cinco períodos: Precerámico, Formativo, Desarrollo General, Integración e Inca. Se encuentran representadas de esta forma, culturas como la Tacalshapa, Cerro Narrío, Cashaloma, Challuabamba, Panzaleos, Puruhaes, Bahía, La Manteña, La Tolita, etc.
El Museo cuenta con una reserva arqueológica de piezas en metal, piedra y cerámica, muchas de las cuales rotan para su exhibición cada tres o cuatro meses, según los requerimientos de las muestras. Se suman una bodega de publicaciones, una sala de ensayos para las agrupaciones de danza que maneja la Unidad de Cultura de la Universidad de Cuenca, y espacios para actos culturales y ejecución de trabajos de investigación de nivel superior.
Mantenerlo es una forma de expresar la importancia que tiene el conocimiento en la cultura de los habitantes, la importancia del pasado y cómo todo este bagaje cultural influye en el presente.